1. 选择漏洞较少的apache版本，并打上安全补丁
查看apache版本号：httpd -v
然后在sebug上搜索该版本号有什么漏洞，可根据提示提升版本或者打上补丁
2. 关闭一些不使用的模块及功能
可在LoadModule前加#，来注释掉一些不使用的模块
3. 隐藏banner信息
ServerTokens OS 修改为：ServerTokens Prod （在出现错误页的时候不显示服务器操作系统的名称）
ServerSignature On 修改为：ServerSignature Off（不回显apache版本信息）
4. 删除默认网站及页面
删除默认的页面，防止泄露服务器信息
5. 可修改banner信息
6. 配置httpd.conf禁止目录浏览
Options Indexes FollowSymLinks
改为
Options -Indexes FollowSymLinks
7. 配置httpd.conf设置默认文档
DirectoryIndex index.html
8. 合理配置apache的运行账户
为apache单独建立一个运行账户及账户组，并在httpd.conf配置
User apache
Group apache
9. 合理控制apache运行账户对磁盘的写入，执行权限
取消apache运行账户对网站目录的写入权限，上传目录除外，其他非网站目录尽量不给权限
10. 合理控制apache运行账户对sh等的执行权限
取消掉了运行账户对sh等的执行权限后能够防止webshell通过默认的sh执行命令
11. 配置httpd.conf取消对上传目录的php执行权限
<Directory "/var/www/html/aaa">
<FilesMatch ".(php|php5)$">
Deny from all
</FilesMatch>
</Directory>
12. 配置httpd.conf限制禁止访问的文件夹，例如后台目录
<Directory "/var/www/html/aaa">
Deny from all
</Directory>
13. 配置httpd.conf限制一些特殊目录的特定ip访问，如内部接口等。
<Directory "/var/www/html/aaa">
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from 192.168.1.111
</Directory>
14. 配置httpd.conf限制一些文件类型的访问，如txt的日志
<Files ~ ".txt$">
Order allow,deny
Deny from all
</Files>
15.配置httpd.conf修改修改监听端口来防止一些内部系统被扫描
这样可以防止一些直接扫描80端口的黑客
Listen 12345
16. 关闭对.htaccess的支持
AllowOverride All
改为
AllowOverride None
17. 配置httpd.conf记录访问日志
.htaccess常见配置方法参考
首先，不建议使用.htaccess,其次，使用.htaccess需要在httpd.conf中开启，最后，开始.htaccess支持后需要在httpd.conf中配置防止.htaccess文件被下载，下面介绍几个基本配置方法不全，更多的可以参考其他网站专门针对.htaccess 的配置方法。
1. 定制目录的默认文档
DirectoryIndex index.html index.php index.htm
2. 定制错误页面
ErrorDocument 404 errors/404.html
3. 控制访问文件和目录的级别
order deny,allow
deny from all
allow from 192.168.0.0/24
4. 防止列目录
Options -Indexes
总结
其实一个web服务器的保护是分几个层次的（暂不考虑程序的漏洞）：
1. 隐藏自己
要保护一个web服务器首先得学会隐藏自己，对于一些内部系统，如后台，内部接口等，我们可以通过改端口，限制ip等方式来不让黑客发现。
2. 隐藏身份
对于多数web系统来说，都是提供给外面的访问的，所以想隐藏自己其实是很难的。但是我们还是要学会隐藏身份，可以通过改banner，该返回信息来隐藏身份来加大黑客攻击的难度。
3. 选用安全的版本及修补一些已知的漏洞
其实前面两步都是很容易突破，然后获知一个web系统所使用的web服务器版本的，此时我们能做的就是选择一个少漏洞的版本，及打上安全补丁。
4. 做好安全配置
做好基础的安全配置，禁止目录浏览，设定默认文档，上传目录限制php执行等等，来阻挡黑客的入侵。
5. 合理配置web服务进程账户的权限
当黑客已经通过程序漏洞上传了一个webshell并且已经成功执行了，此时，就只能很好的配置服务进程的账户权限，包括磁盘的读取写入，特殊程序如sh的执行，等等，这样可以讲危害降到最低。
6. 记录日志
最后，当黑客已经光顾之后，我们也只能通过日志来分析，看问题出在哪里了。